Идея создания "Спокойной ночи, малыши!" возникла в конце 1963 года. Были написаны первые сценарии, сделаны эскизы декораций и первых кукол главных героев. В эфир телепередача вышла в День знаний — 1 сентября 1964 года.
Ведущими программы в разное время были Владимир Ухин, Валентина Леонтьева, Ангелина Вовк, Татьяна Веденеева, Оксана Федорова. Кукольные персонажи постоянно менялись. В настоящее время это Хрюша, Степашка, Филя, Каркуша и Мишутка. Передача трижды удостаивалась национальной телепремии ТЭФИ.