Трудовая деятельность:
- 1971-1972 — инженер-электрик Казахского отделения ГПИ "Проектмонтажавтоматика";
- 1972-1973 — служба в рядах Советской армии;
- 1973-1984 — работа на комсомольских и партийных должностях Киргизской ССР;
- 1984-1986 — учеба в Академии МВД СССР;
- 1986-1987 — начальник отдела по борьбе с организованной преступностью Министерства внутренних дел Киргизской ССР;
- 1987-1988 — заведующий отделом административных и торгово-финансовых органов Фрунзенского горкома партии;
- 1988-1991 — заместитель начальника, исполняющий обязанности начальника УВД города Фрунзе;
- 1991-2005 — генеральный директор компании "Интер-Бишкек";
- май-август 2005 — первый вице-мэр Бишкека;
- 2005-2010 — генеральный директор компании "Интер-Бишкек";
- 2010-2011 — вице-премьер по силовому блоку;
- 2011-2012 — председатель Государственного комитета национальной безопасности;
- 2012-2013 — министр внутренних дел;
- февраль–июнь 2013 — вице-премьер по силовому блоку.
21 мая 2019 года был задержан по делу о незаконном освобождении криминального авторитета Азиза Батукаева.
Также Атаханов является основателем и почетным основателем негосударственного пенсионного фонда.
Отец двоих детей.