По предварительным данным, в Баткенском районе повреждены или полностью разрушены 30 жилых домов, две школы, один детский сад и один ФАП, а также три госучреждения. В Лейлекском районе повреждены 48 домов, 10 автозаправок, восемь магазинов и одно госучреждение. В результате приграничного конфликта гражданам и государству причинен колоссальный материальный ущерб.
Во время конфликта кыргызстанцев, в том числе гражданских, обстреливали из гранатометов, минометов и автоматов. Кроме того, 29 апреля авиационная ракета попала в дом жителя села Ортобоз Ак-Татырского айыл окмоту — обстрел велся с вертолета Ми-24.
От минометного огня на участке "Головной водораздел" погибли 25 местных жителей. Всего жертвами конфликта стали 36 кыргызстанцев, в том числе 12-летняя девочка и четырехлетний мальчик, пострадали 189 человек. Из сел Ак-Сай, Ак-Татыр, Кара-Бак Баткенского района, а также Жаны-Жер, Бешкент, Кулунду Лейлекского района эвакуировали 33 388 человек, из них 19 142 — дети.