Каракол был основан в 1869 году в качестве военно-административного центра. Населенный пункт несколько раз переименовывали, долгое время он носил имя ученого, путешественника и климатолога Николая Михайловича Пржевальского, похороненного на берегу Иссык-Куля. Он открыл в Караколе первую метеостанцию и библиотеку, а после Октябрьской революции и установления советской власти — несколько школ, медресе, интернат.
В 1990-х Пржевальск снова стал Караколом. Кроме кыргызов, здесь живут русские, казахи, узбеки, уйгуры, дунгане, татары, калмыки, немцы, украинцы и представители других народов. Сегодня Каракол активно развивается и привлекает множество туристов благодаря богатой истории, интересной архитектуре и многонациональной культуре.