В 1994 году окончил исторический факультет Кыргызского национального университета имени Жусупа Баласагына.
Из открытых источников известно, что он работал старшим преподавателем кафедры политологии факультета международных отношений Кыргызско-Российского Славянского университета.
Также Казакпаев работал экспертом в аналитическом центре "Полис Азия" и Институте экономики Национальной академии наук.
Выступал в качестве эксперта по политическим событиям в Кыргызстане и мире.
В апреле 2021 года политолога задержали по подозрению в госизмене. Вместе с ним арестовали экс-главу казахской диаспоры в Кыргызстане Марата Токтоучикова.
9 июня 2022 года адвокат Казакпаева Икрамидин Айткулов заявил, что его подзащитный впал в кому после инсульта. Его перевели из СИЗО ГКНБ в больницу.
В госкомитете в тот же день сообщили о диагнозах, поставленных Казакпаеву до ухудшения состояния.
10 июня днем стало известно о его смерти.