В 2003 году в столице Таджикистана открыли новое здание посольства Кыргызстана.
"За 10 лет было много попыток рассорить таджиков и кыргызов. Не удалось. Думаю, и в будущем не удастся. Мы будем делать все, чтобы наши народы жили в мире, согласии. Мы не просто братья, мы — родственники", — сказал Рахмон.
14 сентября 2022 года таджикские военнослужащие обстреляли приграничную территорию Кыргызстана в пяти местах. После переговоров перестрелка прекратилась. 16 сентября Погранслужба КР заявила об обстреле приграничных территорий со стороны РТ, столкновения начались по всему периметру границы в Баткенской области. Ведомство назвало действия таджикских военных вероломной атакой. МИД Кыргызстана вручил ноту протеста Таджикистану, заявив о нарушении ранее достигнутых договоренностей.