В 1963–1993 годах работал в Кыргызском институте микробиологии и гигиены.
В 1993–2000-м — в Институте биологии Национальной академии наук КР (занимал должности от младшего научного сотрудника до руководителя), а также в Институте философии НАН (заведующий отделом и заместитель директора).
С 2000 года был занят в экологических проектах, разрабатывая стратегию и план действий по сохранению биоразнообразия в КР. Также работал в проектах Всемирного банка, ПРООН, Международного союза охраны природы, фонда "Сорос — Кыргызстан" и фонда Кристенсен, был сотрудником Всемирного фонда дикой природы, Международного общества охраны природы и других.
Принимал активное участие в деятельности общественных организаций: Центрального экологического совета ISAR, наблюдательного совета Центральноазиатского регионального экологического центра и прочих.
В 2016 году был избран депутатом Бишкекского городского кенеша, но в ноябре 2017-го добровольно сдал мандат.
Эмиль Шукуров был организатором первого в Кыргызстане экологического движения "Алейне". Принимал участие в создании Атласа Киргизской ССР и был редактором 18 карт. Также являлся автором "Зоогеографической карты Киргизии".
Кандидат биологических и доктор географических наук, профессор, заслуженный деятель науки КР. 23 августа 2019 года скончался в результате продолжительной болезни на 82-м году жизни.
