Трудовая деятельность:
- 1978 — библиотекарь заочной школы Сузакского района;
- 1986 – 1989 — следователь Первомайского РОВД;
- 1989 – 1990 — следователь следственного отдела УВД города Бишкек;
- 1990 — следователь следственного управления МВД города Бишкек;
- 1990 – 1993 годы — ведущий специалист Управления делами Совмина КР;
- 1993 — помощник вице-президента КР;
- 1993 – 1996 — заведующий сектором, заведующий отделом аппарата правительства КР;
- 1996 – 1999 — первый заместитель председателя Высшего арбитражного суда КР;
- 1999 — заведующий юридическим отделом администрации президента КР;
- 1999 – 2005 годы — судья Конституционного суда КР;
- 22 сентября 2005 – 30 сентября 2005 — и.о. министра юстиции КР;
- 2005 – 2008 — министр юстиции КР;
- с 2008 — заместитель председателя партии "Жаны Кыргызстан".
Марат Кайыпов является государственным советником юстиции 2 класса. В 1995 году его наградили Почетной грамотой КР, а в 2007 году присвоили звание "Заслуженный юрист КР".
В ноябре 2020 года подал в ЦИК заявление о выдвижении своей кандидатуры на должность президента Кыргызской Республики.
