В ноябре 2013 года экс-торага был задержан и водворен в СИЗО КГНБ. Он обвинялся в коррупции в бытность председателем Соцфонда и ГНС, в злоупотреблении должностным положением, когда был спикером Жогорку Кенеша. Верховный суд оставил в силе решение Бишкекского городского суда в отношении Келдибекова о назначенном штрафе в размере 10 миллионов сомов.