Список крупных операций
1999, август–ноябрь, Баткенская область. Уничтожены участники террористической группы.
2006, июль, Джалал-Абад. В центре города проведена двухчасовая операция по нейтрализации группировки боевиков Исламского движения Узбекистана. Террористы оказали ожесточенное сопротивление, уничтожены шестеро из них, в том числе лидер группы.
2006, сентябрь, Ош. Во время спецоперации уничтожен амир боевиков в Средней Азии.
2007, июль, Джалал-Абад. Проведена спецоперация по нейтрализации и ликвидации членов террористической "Группы джихада".
2009, июль, Ошская область. В Узгенском районе ликвидированы пятеро боевиков.
2010, ноябрь, Ош. Проведена спецоперация по задержанию преступников, причастных к организации взрывов.
2011, январь, Чуйская область. В ходе спецоперации в селе Стрельниково ликвидированы четверо боевиков группы "Жайшул махди".
2011, октябрь, Ошская область. Во время празднования 200-летия со дня рождения Курманджан датки террорист захватил маршрутку. Бойцы "Альфы" провели операцию по освобождению заложников, преступник был ликвидирован, граждане не пострадали.
2015, июль, Бишкек. В результате спецоперации на пересечении улиц Горького и Темирова ликвидированы четверо террористов.
2015, декабрь, Бишкек. В микрорайоне "Восток-5" ликвидированы двое боевиков.
2016, август, Бишкек. Ликвидирован член подпольной ячейки международной террористической организации.
Спецподразделение "Альфа" также внесло вклад в сохранение конституционного строя во время революций 2005-го и 2010 годов, июньских событий 2010-го. Бойцы группы обеспечивали охрану стратегических объектов, провели ряд мероприятий по противодействию терроризму и организованным преступным группировкам.
Погибшие при исполнении служебных обязанностей
По официальной информации, со дня основания "Альфы" во время исполнения служебных обязанностей погибли пятеро бойцов подразделения.
Первые потери "Альфа" понесла 12 мая 2006 года. В тот день из Таджикистана в Кадамджайский район Баткенской области проникла вооруженная группа, которая захватила таможенный пост в селе Ак-Турпак. В боестолкновениях погибли два кыргызстанских пограничника, один таможенник, один местный житель и два спецназовца — полковник Абдурашид Осконалиев и лейтенант Кыялбек Бакиров. Впоследствии 23-летний Бакиров был посмертно награжден орденом "Эрдик" ("Мужество"), а 44-летний Осконалиев — орденом "Манас" II степени. Из числа членов преступной группы убиты трое, одного удалось захватить.